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Aujourd'hui un parc marin national couvrant tout le district de Wakatobi, il comprend un total de 1,4 million d'hectares, dont 900 000 hectares sont décorés avec différentes espèces colorées de récifs coralliens tropicaux. Car Wakatobi est largement reconnu comme ayant le plus grand nombre d'espèces de récifs et de poissons au monde. Les îles sont également célèbres comme étant la plus grande barrière de corail en Indonésie, juste derrière la Grande Barrière de corail en Australie.