Au XIIIème siècle, "le chemin de l'eau"c'est à dire la navigation sur la Garonne est réouvert. Si bien qu'un tout petit nombre d'habitants vont essayer de s'y établir d'abord comme pêcheurs, puis comme marins. Ce sont ces derniers qui vers 1280 jettent les premiers fondements de La Magistère.
La tradition populaire veut que le nom de La Magistère soit celui de la femme qui tenait une auberge sur les bords du fleuve avec son mari. Celui-ci était très certainement maître du bateau, le pilote nommé magister, son épouse était donc la Magistero. Peu à peu le nom de l'auberge devient le nom de ces quelques habitations groupées; un nom général se substitue au nom particulier pour devenir un nom de lieu. Et Clermont va désigner désormais sous le nom de La Magistère ( en deux mots) le petit groupement des bords du fleuve qui dépend de lui.